1539 hielt die Reformation Einzug in Brandenburg, so auch in Templin. Die Kirche hieß bis dahin, wie zahllose andere Kirchen, Marien-Kirche und wurde zu dieser Zeit in Maria-Magdalenen- Kirche umgetauft.
Maria-Magdalena fand durch die Begegnung mit Jesus zu einem neuen Leben. Sie folgte ihm nach und wurde eine der ersten Zeuginnen der Auferstehung Jesu Christi.
Am 24. August 1735 wurde Templin wieder von einem furchtbaren Stadtbrand heimgesucht. Maria-Magdalenen brannte bis auf den Turmsockel und die Sakristei nieder. Der Feldsteinsockel, der älter ist als Merians Stich und aus der Zeit vor den Bränden von 1618 und 1530 stammt, reicht bis in die Feldsteinbauzeit zurück. Das aus behauenem Feldstein abgestufte Westportal zeigt noch den alten gotischen Spitzbogen. Die Sakristei ist der zweitälteste Bauteil, dieser Anbau ist im Inneren heute noch Zeuge der gotischen Bauweise. Dort kann man das sehr gut erhaltene Rippengewölbe bewundern. Der Wiederaufbau nach dem großen Brand 1735 war schwierig. Bedingt durch Geldnot in städtischen und landesherrlichen Kassen dauerte er 14 Jahre. Patron von Maria-Magdalenen war der preußische König. Friedrich II. befand sich damals in den schlesischen Kriegen, die dem Land große finanzielle Opfer abverlangten. Erst 1749 konnte die Kirche eingeweiht werden. Davon zeugt die Inschrift über dem Südportal in einem überdachten Korbbogen:
Der Turmaufbau wurde zwei Jahre später vollendet. In vier Absätzen erhebt er sich 70 m hoch über dem alten Feldsteinsockel. Der Turm trägt in seiner Mitte eine steinerne Brüstung, der eingezogene Teil eine Laterne mit Spitzhelm.
Die Kirche erhielt 1749 äußerlich ihre heutige Gestalt. Eine durchgreifende Erneuerung und Restaurierung fand in den Jahren 1877- 1878 statt. Die Arbeiten erstreckten sich auf die Entfernung des alten Gestühls, der beiden übereinanderliegenden Seiten-Emporen, der alten Fliesen und Fenster; lediglich die Orgelempore blieb erhalten. Unter viel Aufwand baute man in die Kirche eine neue Kanalheizungsanlage ein, und umfangreiche Reparaturarbeiten am Dachstuhl wurden ausgeführt. Die alte, glattgeputzte Decke wurde in eine Holzdecke umgewandelt. Die vier Chorfenster wurden neu verglast und erhielten die Bilder der 4 Evangelisten. 1944 sind die Fenster beim Bombenangriff teilweise beschädigt worden. 1962 erhielt die Kirche eine Renovierung, bei der man auch die Chorfenster, diesmal sehr schlicht, neu verglaste.
Nach der Einweihung der Kirche 1749 dauerte die Vollendung des Orgelbaues noch etwa zwanzig Jahre. Das neue Instrument baute Gottlieb Scholtze mit 27 Registern. 1855 fügte Karl August Buchholz in das Gehäuse eine neue Orgel mit 37 Registern ein. 1921 bauten Gebrüder Jehmlich in das Gehäuse eine neue Orgel mit 59 Registern, später auf 61 erweitert. Es war damals ein modernes, sehr kompliziertes Werk. 1994 erfolgte ein Neubau durch die Potsdamer Orgelbaufirma SCHUKE als rein mechanische Schleifladenorgel mit 38 Registern auf drei Manualen und Pedal. Als Begleitinstrument für die kirchenmusikalischen Aufführungen der Kantorei Templin dient die kleine Sauer-Orgel im Chorraum, erbaut 1990.
