Nach der Reformation 1539 wurde das Hospital in einen Beginenhof umgewandelt. Hier hatten alleinstehende Frauen, später auch Ehepaare, ein Obdach in klosterähnlicher Gemeinschaft ohne strenge Gelübde, wie man es ähnlich häufig in den Niederlanden findet. Das in den Grundmauern wohl auch aus dem 14. Jh. stammende Spitalgebäude wird heute durch die Aufstockung aus der Mitte des 19. Jh. geprägt.
Durch den großen Stadtbrand 1735 wurden das Dach, Fenster und Türen der Kapelle zerstört, doch bald wieder hergerichtet. Weiter nahm der Kirchenbau Schaden durch die französische Besetzung 1806-08, während der das Bauwerk als Magazin und Pferdestall missbraucht wurde. Der Verfall schritt auch danach voran, bis 1864 die Restaurierung eingeleitet wurde. Bei dieser Gelegenheit erneuerte man auch das Innere der Kapelle grundlegend. Am 2. Mai 1866 konnte sie feierlich geweiht werden. Weitere Renovierungen folgten um 1936 und 1963. Nachdem die Kapelle erst 1993 neu eingedeckt worden war, musste 1996/97 der Dachstuhl wegen Hausschwammbefalls weitgehend erneuert und der Bau komplett instand gesetzt werden.
